En un coup d'œil
- Missions: Développez des pipelines bioinformatiques pour transformer des données brutes en ensembles de données prêtes à l'analyse.
- Entreprise: Startup française ambitieuse dans le domaine de la biotechnologie.
- Avantages: Salaire compétitif, participation au capital et opportunités de croissance personnelle.
- Autres infos: Environnement dynamique avec une équipe passionnée et engagée.
- Pourquoi ce job: Participez à un projet innovant et impactant dans le secteur de la biotech.
- Qualifications: MSc ou PhD en bioinformatique avec 3+ ans d'expérience en pipelines bioinformatiques.
Le salaire estimé est compris entre 61650 - 75350 € par an.
Nous recherchons un ingénieur en données bioinformatiques pour rejoindre notre équipe et prendre en charge toutes les données utilisées pour former et évaluer nos modèles de cellules virtuelles AI : traitement, harmonisation et versioning.
Dans votre travail quotidien, vous écrirez et exécuterez les pipelines bioinformatiques qui transforment les données brutes de séquençage et d'imagerie en ensembles de données prêtes à l'analyse. Vous travaillerez main dans la main avec nos scientifiques ML, biologistes, chimistes et ingénieurs. Vous serez une partie intégrante d'un projet de startup française ambitieux et passionnant dès son inception.
- Construire nos pipelines omiques, en commençant par les cellules uniques, des FASTQ aux matrices prêtes à l'analyse : alignement et quantification, attribution de guides CRISPR, identification des cellules, gestion de l'ARN ambiant et des doubles, et contrôle de qualité par course.
- Construire les pipelines d'imagerie pour les données de temps-lapse en champ clair et fluorescence : correction d'illumination, segmentation, suivi, et extraction de caractéristiques et d'incorporation.
- Internaliser et harmoniser les ensembles de données publiquement disponibles pertinents avec les propres données de Rivercell.
- Mettre en place la gestion des versions des ensembles de données, de la lignée et de la publication, afin que chaque ensemble de données derrière un modèle, un article ou un benchmark puisse être retracé à ses données brutes et à sa version de pipeline, et que chaque expérience soit reproductible.
- Construire les outils qui génèrent et audite les divisions train/test contrôlées par contamination pour nos benchmarks.
- Gérer l'infrastructure de données : stockage cloud et calcul pour des dizaines de téraoctets, contrôle des coûts, et chargement des données suffisamment rapide pour garder les GPU occupés.
- Construire le côté données de notre laboratoire fermé en boucle, dans lequel les modèles proposent des expériences, le laboratoire les exécute, et les résultats reviennent sous forme de données prêtes à être réentraînées.
Opportunité de travailler sur un projet de pointe dans le domaine de la biotechnologie.
Opportunité de rejoindre une équipe ambitieuse et une startup impactante parmi les premiers employés.
Salaire compétitif et package d'équité.
Opportunités passionnantes de croissance personnelle et professionnelle au sein de l'équipe.
Vous avez un MSc ou un PhD en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique ou un domaine connexe.
Vous avez plus de 3 ans d'expérience dans la construction et l'exécution de pipelines bioinformatiques en production, dans l'industrie, une installation centrale ou un grand consortium.
Vous avez traité des données RNA-seq de cellules uniques à partir de lectures brutes (Cell Ranger, STARsolo, kallisto/bustools, alevin-fry, ou équivalent) et travaillez confortablement dans l'écosystème AnnData / scverse.
Vous écrivez en Python et appliquez de bonnes pratiques d'ingénierie : gestionnaires de flux de travail, conteneurs, tests, CI et documentation.
Vous avez de l'expérience avec la gestion des versions de données sur de grands ensembles de données, avec l'harmonisation d'ensembles de données hétérogènes, et avec l'infrastructure cloud (AWS ou GCP) ou HPC.
Vous avez de l'expérience avec le traitement d'images à grande échelle, idéalement en microscopie : segmentation, suivi, et extraction de caractéristiques ou d'incorporation (Cellpose, StarDist, CellProfiler, ou modèles d'apprentissage profond).
Vous avez de l'expérience avec la gestion de données haute performance pour l'entraînement de modèles : formats de tableau et colonne (Zarr, TileDB-SOMA, Parquet, OME-Zarr), sharding et streaming depuis le stockage d'objets, et chargeurs de données PyTorch qui gardent les GPU occupés.
Une personne autonome, engagée, enthousiaste, agréable à travailler avec, ayant un état d'esprit
Bioinformatics Data Engineer in Paris employeur : Rivercell
Rejoindre notre startup française en biotechnologie en tant qu'Ingénieur de Données en Bioinformatique, c'est intégrer une équipe ambitieuse et passionnée, où chaque membre joue un rôle clé dans le développement de modèles cellulaires virtuels innovants. Nous offrons un environnement de travail collaboratif, des opportunités de croissance personnelle et professionnelle, ainsi qu'un package salarial compétitif incluant des actions. En tant que pionnier dans ce projet, vous aurez l'occasion de travailler sur des technologies de pointe tout en contribuant à des recherches ayant un impact significatif.
Conseils d'expert StudySmarter🤫
Voici comment nous pensons que tu pourrais décrocher Bioinformatics Data Engineer in Paris
✨Plonge dans les communautés biotech
Rejoins des associations professionnelles ou des groupes sur des plateformes comme LinkedIn. Participer à des forums spécialisés et des groupes de discussion peut nous aider à faire des rencontres utiles et à découvrir des offres d’emploi en avant-première.
✨Fais du bénévolat ou des stages
Cherche des possibilités de bénévolat auprès de startups ou de laboratoires de recherche. Cela peut non seulement étoffer ton CV, mais aussi te donner des contacts précieux dans le monde de la biotechnologie.
✨Assiste à des salons et des conférences
Les événements comme les salons de l'innovation ou les congrès en biotechnologie sont parfaits pour réseauter. N'hésite pas à y aller, car c'est là que tu pourras rencontrer des recruteurs et des professionnels du secteur qui pourraient être intéressés par ton profil.
✨Postule directement sur notre site
Ne te contente pas d’envoyer des candidatures. Fonce sur notre site pour consulter les offres disponibles chez Rivercell en biotechnologie et n’hésite pas à postuler directement. Plus de visibilité, plus de chances de retenir l’attention des recruteurs !
Nous pensons qu'il te faut ces compétences pour exceller en tant que Bioinformatics Data Engineer in Paris
Quelques conseils pour ta candidature 🫡
Mets en avant tes compétences techniques:Dans le domaine de la biotechnologie, il est super important de mettre en avant tes compétences techniques spécifiques, que ce soit en biologie moléculaire, en culture cellulaire ou en bioinformatique. Sois précis sur les techniques que tu maîtrises et les projets passés où tu les as utilisées. Cela fera briller ton CV aux yeux de Rivercell !
N'oublie pas les expériences pratiques:Si tu as effectué des stages ou travaillé dans des laboratoires, mentionne-les ! Les employeurs dans la biotechnologie aiment voir des expériences concrètes. Liste les laboratoires où tu as été, les projets sur lesquels tu as travaillé, et n'hésite pas à inclure des résultats quantifiables (comme une amélioration d'une méthode ou un projet de recherche réussi).
Personnalise ta lettre de motivation:Pour un poste à temps plein, ta lettre de motivation devrait prouver ta passion pour la biotechnologie et ta connaissance de Rivercell. Explique comment tes objectifs de carrière s'alignent avec leur mission et comment tu comptes contribuer à leurs projets. Montre-leur que tu es le candidat idéal !
Soigne la présentation de ton CV:Un bon CV dans le domaine de la biotechnologie doit être clair et bien structuré. Mets en avant ta formation, tes certificats (comme ceux en BPL ou en sécurité des laboratoires) et tes compétences techniques. N'hésite pas à inclure un lien vers un portfolio ou un profil LinkedIn à jour pour donner plus de contexte à ton expérience.
Comment te préparer à un entretien d'embauche chez Rivercell
✨Prépare des réponses sur tes compétences techniques
Dans le domaine de la biotechnologie, tu vas probablement être confronté à des questions sur des techniques spécifiques comme la PCR, l'électrophorèse ou les cultures cellulaires. Assure-toi d'avoir des exemples concrets en tête où tu as utilisé ces compétences, cela montrera ton expertise.
✨Familiarise-toi avec les projets de l'entreprise
Chaque entreprise en biotechnologie a ses propres projets et domaines de recherche. Prends le temps de comprendre les travaux de Rivercell. Cela te permettra de personnaliser tes réponses et de montrer que tu es enthousiaste à l'idée de contribuer à leurs efforts spécifiques.
✨Sois prêt pour une discussion sur la réglementation
Dans un poste en biotechnologie, la conformité aux normes et réglementations est clé. Prépare-toi à répondre à des questions sur les législations telles que la réglementation européenne ou les bonnes pratiques de laboratoire (BPL). Montre que tu es conscient des enjeux éthiques liés à la biotechnologie.
✨Démontre ta capacité à travailler en équipe
Travailler en biotechnologie, c'est souvent collaborer avec des chercheurs, des techniciens et même des spécialistes d'autres disciplines. N’hésite pas à donner des exemples de projets ou de moments où tu as bien collaboré dans une équipe. Cela prouve non seulement tes compétences techniques, mais aussi ton esprit d'équipe.
