NGS Specialist

Biomemory, fondée en 2021, se situe à l'intersection de la biotechnologie et de l'informatique, animée par une passion pour la durabilité. Nous sommes une start-up bien financée construisant des équipements rackables pour les centres de données, utilisant l'ADN synthétique comme support de stockage. Cette technologie, encore à ses débuts, vise à stocker d'énormes quantités de données (Exaoctets) avec une durée de conservation très longue (> 100 ans) dans un budget capex et opex attractif. Basée à Paris, Biomemory vise à servir le marché international en pleine croissance du « cold-storage ». Rejoignez-nous pour réécrire l'avenir du stockage de données !

Mission

En tant que scientifique NGS, vous contribuerez à tous les aspects des étapes post-écriture jusqu'à la lecture post-séquençage de l'ADN. Cela inclut le traitement de l'ADN, le séquençage de nouvelle génération (NGS), l'analyse des données de séquençage et le développement de pipelines, tout en maintenant une expertise solide en biologie moléculaire. Vous concevrez, validerez et mettrez à l'échelle des flux de travail de séquençage de bout en bout, de la conception expérimentale et de l'exécution en laboratoire à des pipelines d'analyse de données robustes et de qualité production.

Responsabilités principales

• Posséder les flux de travail NGS de bout en bout, de la question biologique aux données exploitables.
• Définir des stratégies de séquençage et proposer de nouvelles technologies dans le domaine du séquençage de l'ADN.
• Concevoir et optimiser l'analyse des données en aval pour répondre aux exigences de l'équipe R&D.
• Définir des critères d'acceptation, des contrôles et des seuils de qualité pour la validation basée sur le séquençage.
• Concevoir, développer et maintenir des pipelines d'analyse de données NGS robustes et évolutifs.
• Assurer la reproductibilité, le contrôle de version et la documentation des pipelines.

Rigueur scientifique, QC et standardisation

• Définir et appliquer des normes scientifiques pour la qualité et l'interprétation des données de séquençage.
• Assurer la traçabilité, l'auditabilité et la reproductibilité à long terme des données de séquençage.
• Collaborer étroitement avec les ingénieurs logiciels pour garantir la robustesse, la performance et la maintenabilité des pipelines.

Mentorat technique

• Agir en tant que référence technique pour le NGS, l'analyse de séquençage et la biologie moléculaire.
• Assister le directeur de la biotechnologie pour assurer une collaboration fluide.
• Encadrer les ingénieurs et techniciens sur les meilleures pratiques d'analyse de données.
• Contribuer au recrutement, aux entretiens techniques et à l'évaluation des compétences.
• Participer aux discussions sur la feuille de route technique liée au séquençage et au flux de travail de lecture des données.

Contribution interfonctionnelle et stratégique

• Travailler en étroite collaboration avec l'équipe de biologie moléculaire, l'ingénierie des processus d'automatisation et les équipes logiciels et matériels.
• Traduire les besoins de R&D en solutions évolutives et industrialisables.
• Fournir des contributions scientifiques aux décisions stratégiques, à l'évolution de la plateforme et aux choix technologiques.

Profil

• Plus de 10 ans d'expérience en analyse de données NGS et développement de pipelines, en particulier avec la technologie Oxford Nanopore.
• Solide formation en biologie moléculaire.
• Capacité prouvée à opérer à l'interface de la biologie, des données et de l'ingénierie logicielle.
• A l'aise avec des systèmes complexes de bout en bout, du banc de laboratoire aux pipelines de production.

Éducation

• Doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, biotechnologie ou domaine connexe.

Compétences techniques clés

• Technologies NGS et modèles d'erreur de séquençage.
• Architecture de pipeline et meilleures pratiques.
• Analyse statistique des données de séquençage.
• Compétences en programmation pour le développement de pipelines (par exemple, Python, R, Bash ; gestionnaires de flux de travail appréciés).
• Expérience dans la construction de pipelines d'analyse personnalisés, pas seulement l'utilisation d'outils existants.
• Compréhension approfondie de la reproductibilité des données, du versionnage et de la traçabilité.
• Expérience extensive avec les stratégies PCR et d'amplification.
• Flux de préparation de bibliothèques (en particulier avec la technologie Oxford Nanopore).

Compétences interpersonnelles

• Juge scientifique solide et prise de décision en situation d'incertitude.
• Esprit structuré, rigoureux et orienté qualité.
• Capacité à communiquer des sujets techniques complexes à des publics divers.
• Leadership naturel.
• Proactif, autonome et axé sur les solutions.

Atouts / Bonus

• Expérience avec l'automatisation de laboratoire et les flux de travail de séquençage à haut débit.
• Familiarité avec les plateformes de données ou les environnements réglementés.
• Expérience antérieure avec le séquençage à l'échelle industrielle ou les pipelines de production.
• Intérêt pour la biologie synthétique, les technologies basées sur l'ADN ou les applications de séquençage novatrices.
• Expérience managériale (personnes et/ou projets).

À savoir

Le poste est sur site, basé dans nos bureaux situés au 5 Impasse Reille à Paris. L'espace de travail combine des bureaux modernes classiques avec des salles de laboratoire avancées, conçues pour favoriser la collaboration entre informaticiens et biologistes. Ce cadre soutient notre mission de relever les défis de la synthèse et de l'écriture de l'ADN, encourageant le travail d'équipe interdisciplinaire et l'innovation. Le poste est soumis à la législation française sur les contrats à heures fixes (« forfait heures »), avec une semaine de travail de 39 heures, ce qui offre flexibilité et garantit des attentes claires concernant les engagements temporels. Biomemory offre des avantages au-delà des réglementations françaises, pour soutenir le bien-être de ses employés et leur permettre de contribuer au mieux au succès de l'entreprise.